Paralelamente al Apertura y Clausura, se disputó la Zona Permanencia, la cual agrupaba a los 8 restantes equipos de la tabla general del Torneo Clasificatorio (que sí arrastraban los puntos que consiguieron en dicho torneo), segunda equipacion atletico de madrid en el cual descendían los 2 peores equipos de Montevideo y el peor equipo del interior. En el campeonato de 2003, el Club Atlético Peñarol se consagró campeón luego de ganar el Torneo Clausura, y vencer en semifinales a Nacional, campeón del Torneo Apertura, brasil camiseta por 1-0 sin necesidad de disputar finales por la ventaja de la tabla acumulada del equipo carbonero. En él, se dividían en tres grupos, dos de ellos de equipos de Montevideo y el grupo restante de equipos del interior, camiseta arsenal 2025 y clasificaba a los primeros 10 equipos de la tabla general a los torneos Apertura y Clausura.
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